"The Animatrix" wordt gevormd door negen korte animatiefilms, die afzonderlijk kunnen worden bekeken. De animaties geven extra achtergronden bij de live action-trilogie "The Matrix". Onderstaand volgt per animatie een korte beschrijving:

Final Flight of the Osiris - De bemanning van de Osiris moet een levensbelangrijke boodschap naar Zion overbrengen, terwijl ze door een vijandige oorlogsvloot van de "Sentinels" worden ontdekt.

The Second Renaissance Parts 1 and 2 - Het ontstaan van de "Matrix". De laatste menselijke bolwerken, de oorlog tegen de machines en de finale ondergang van de mensheid.

Kid's Story - Een middelbare scholier krijgt een persoonlijke uitnodiging van Neo om uit de Matrix te ontsnappen. Maar een uitweg vinden blijkt moeilijker dan gedacht.

Program - In de virtuele realiteit van een Samurai trainingsprogramma ziet een Zionsoldaat zich verplicht te kiezen tussen de liefde en haar kompanen uit de echte wereld.

World Record - Door een ongelofelijke combinatie van wilskracht en fysieke kracht breekt Dan, wereldrecordhouder hardlopen, uit de matrix en vangt een glimp op van de echte wereld daarachter.

Beyond - Yoko ontdekt een fout in de "Matrix". Een verlaten huis herbergt 'onmogelijke' verschijnselen, waartoe de 'exterminators' in actie komen om deze fout te herstellen.

Detective Story - Doorgewinterd detective Ash volgt cybercrimineel Trinity.

Matriculated - Een kleine groep rebellen heeft een intelligente robot gevangen genomen en wil deze tot bondgenoot herprogrammeren. Hun opzet om hem een voorkeur voor de ‘menselijke Matrix’ bij te brengen, slaagt iets te goed. Kunnen ze zijn honger nog stillen?