"Cowboy Bebop The Movie" is gebaseerd op de succesvolle animatieserie van de Japanse regisseur Shinichiro Watanabe.

Midden in de drukke stad wordt een truck opgeblazen en hierbij komt een dodelijk gas vrij dat 500 mensen dood. Het Bebop-team gaat meteen op zoek naar de dader, vooral als ze horen dat er een beloning van 300.000.000 woolongs op zijn hoofd staat. Ze staan voor een raadsel als blijkt dat de doodgewaande Vincent Volaju achter de aanslag zit en Vincent's nieuwe terreur nog maar net is begonnen!