In Daxter speel je alleen met Daxter. Het spel speelt zich af voor het avontuur van Jak and Daxter II. Jak is gevangen door de Baron en Daxter probeert een plan te verzinnen om hem te bevrijden. Echter, door een misverstand neemt Daxter een baan als ongediertebestrijder aan om een invasie van metal bugs tegen te gaan.