In PES 2011 3DS kun je aan de slag met het voetbalseizoen 2010/2011. De voetbalgame biedt verbeteringen op het gebied van gameplay, besturing en animatie. De grootste verandering zit hem in de precisie van het schieten en passen. Je hebt totale vrijheid om te bepalen hoe je de bal wilt spelen en met welke snelheid dit gebeurt. Ook is de kunstmatige intelligentie van de verdedigers verbeterd, zijn de tactische en strategische opties uitgebreid en kunnen spelers schijnbewegingen leren.

De populaire Master League-modus maakt wederom zijn opwachting. In deze modus ben je manager van een voetbalteam en ben jij verantwoordelijk voor trainingen, transfers, sponsoren, budgetten en natuurlijk de voetbalprestaties. Stel een zo sterk mogelijk team samen en neem het op tegen andere trainers.

PES 2011 3D maakt voor deze modus ook gebruik van de 3DS Street Pass-functie. Deze functie wordt actief wanneer twee 3DS'en binnen elkaars bereik komen, bijvoorbeeld wanneer twee 3DS-bezitters langs elkaar lopen op straat. Het spel vergelijkt de statistieken van het Master League-team van de ene speler met die van de andere. Aan de hand van die statistieken wordt een winnaar gekozen. Hiermee kunnen gamers progressie boeken in de ranglijsten, waardoor weer klassieke team en spelers vrijgespeeld kunnen worden.

PES 2011 3D is de enige versie van PES 2011 met de zogenaamde Player's View-optie waarmee de camera achter de speler kan worden geplaatst. Het nieuwe perspectief moet samen met de diepte van de 3D-beelden zorgen voor een realistische ervaring waarin het lijkt alsof de gamer werkelijk aan een wedstrijd meedoet.